Спасибо, помогло! Как-то из головы вылетело, что загрузку из ОЗУ можно поставить.
Оказалось, что это связано с тем, что я источником тактового сигнала ставлю нч кварц, а если ядро тактируется от 32 кГц, то встроенный в плату программатор начинает капризничать